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Le service de bactériologie joue un rôle important dans la prise en charge des maladies infectieuses en assurant la documentation bactérienne par l’analyse de prélèvements effectués chez des patients hospitalisés ou consultants au CHU de Rouen.
Le service assure l’identification et l’étude de la sensibilité des bactéries vis-vis des antibiotiques (antibiogramme) contribuant à une bonne adaptation thérapeutique ; les biologistes sont ainsi amenés à délivrer des conseils diagnostiques et thérapeutiques.
En collaboration avec l’équipe opérationnelle d’hygiène et le DPIAS, le service participe à la prévention du risque infectieux en procédant à l’identification des bactéries multi-résistantes (BMR) et hautement résistantes émergentes (BHRe) et la caractérisation d’épidémies.
Le service est par ailleurs membre de la Fédération Hospitalo-Universitaire Normande de Microbiologie, Infectiologie et Hygiène hospitalière (FéNOMIH) et associé au Centre de référence des infections ostéo-articulaires complexes (CRIOAC) ainsi qu’ au centre de ressources et de compétences de la mucoviscidose (CRCM).
Pour répondre à ces missions, le service de bactériologie est divisé en 4 secteurs techniques sous la responsabilité d’un biologiste référent.
elle-même divisée en sous-secteurs en fonction du service d’hospitalisation des patients et/ou de la nature du prélèvement.
Dans chaque sous-secteur, selon le contexte clinique, les bactéries sont isolées et identifiées, puis des d’antibiogrammes sont réalisés. Le laboratoire a alors un rôle d’expertise dans la détection des mécanismes phénotypiques de résistance aux antibiotiques.
Le service de bactériologie entretient un lien étroit avec les services d’hygiène hospitalière en participant notamment aux réunions hebdomadaires de la fédération d’hygiène ; le service contribue activement à la surveillance épidémiologique et à la lutte contre la diffusion des bactéries multirésistantes en milieu hospitalier.
D’autre part, les biologistes échangent régulièrement avec les services cliniques (réanimations, orthopédie, chirurgie vasculaire, cardiologie, maladies infectieuses) à la faveur de staffs et réunions de concertation pluridisciplinaire hebdomadaires ou mensuelles pendant lesquels des dossiers clinico-biologiques sont discutés.
Le laboratoire a mis en place une détection moléculaire de bactéries pathogènes par la méthode de PCR en temps réel. Cette technique est réalisée de manière journalière. Le séquençage de l’ADN ribosomal 16S, réalisé de manière hebdomadaire, permet une identification des bactéries sans a priori. Ces techniques sont essentielles pour le diagnostic infectieux rapide ou en absence de documentation bactérienne en culture (notamment lorsque le prélèvement a été réalisé sous antibiotique ou que l’infection est due à une bactérie non ou difficilement cultivable). De plus, le laboratoire est équipé d’automates réalisant des PCR multiplexes (panel respiratoire et méningé) permettant un diagnostic syndromique rapide. Le service assure également le typage moléculaire de bactéries multirésistantes.
Ce secteur permet la détection et l’identification de toute espèce de mycobactéries et la réalisation d’antibiogramme des mycobactéries tuberculeuses. Il assure également ces missions pour les prélèvements positifs de laboratoires régionaux non équipés de laboratoire de confinement L3.
Le service assure le diagnostic indirect de maladies infectieuses bactériennes ou effectue le contrôle de l’immunisation de patients par la recherche ou le dosage d’anticorps dirigés contre différents agents pathogènes bactériens (notamment ceux qui ne sont pas ou difficilement cultivables).
Le laboratoire assure par ailleurs des activités de recherche et d’enseignement. Il est notamment adossé à l’équipe de recherche UMR INSERM 1311 DYNAMICURE qui fédère des microbiologistes et cliniciens des Universités de Rouen et Caen Normandie.
Cadre de santé : Véronique Bouhallier
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