Après une révolution technologique en génétique humaine, les applications du NGS en microbiologie sont aujourd’hui en plein essor; c’est la méthode la plus puissante pour la caractérisation moléculaire d’un nombre important d’échantillons simultanément, et elle est capable de détecter des séquences génomiques de multiples pathogènes sans a priori diagnostique.

Plusieurs objectifs sont définis pour ce projet :

1. un objectif technique de mise en place de ce nouvel outil  en microbiologie clinique, pour remplacer à terme la technique de séquençage Sanger actuelle, devenue obsolète ;
2. un objectif de qualité des soins, avec une meilleure prise en charge grâce à une caractérisation plus fine et précise des agents pathogènes responsables des infections, mais aussi des pathogènes émergents hautement résistants aux traitements. Cette nouvelle activité bénéficiera aux patients du CHU et des établissements extérieurs, avec une prise en charge personnalisée (à terme) dans le cadre de la médecine 5P ;
3. un objectif de positionnement et de reconnaissance, pour conforter l’excellence des laboratoires de microbiologie du CHU, et continuer à être un centre de recours régional, national, international en tant que Centres de Nationaux de Référence (CNR), du fait d’une évolution technologique incontournable ;
4. un objectif de développement de la recherche du fait des liens étroits avec les unités de recherches universitaires DYNAMICURE et ESCAPE, en recherche translationnelle (infections respiratoires et urinaires, et fungiome en cancérologie), et dans le cadre de développement industriels.

Les équipements de NGS dont dispose le service ont été acquis par  la fondation Charles Nicolle – Normandie (chaine MinIon Nanopore) et l’unité Inserm U1311 DYNAMICURE (chaine Illumina).